Van egy olyan fehérje-ligandum komplexem, amelyet már más szoftverrel dokkoltam, és csak az Autodock segítségével szeretném értékelni ezeket a komplexeket. Tehát alapvetően csak pontozási funkcióként szeretném használni, hogy megnézzem az energia-összetevőket - nem akarom a ligandumokat visszadokkolni a fehérjekötő helyekre. Az interneten találtak alapján találtam ki ezt az eljárást, de nem vagyok biztos benne, hogy ez a helyes megközelítés, és az utolsó lépésben hibát is kapok, mondván, hogy "az atomok a hálózaton kívül vannak".
Jó lenne, ha valaki megnézné és megmondaná, hogy van-e ennek értelme, és hogy ez-e a megfelelő eljárás (és esetleg javaslat a hibaforráshoz)
-
hidrogéneket kell hozzáadni, ha azok nincsenek
-
gasteiger töltéseket adnak a peptidhez
- fehérje.pdb
kimenet
- protein.pdbqt
szkript:
- Prepar_receptor4.py -r protein.pdb [opciók]
2) A ligandum előkészítése
- adjon hozzá hidrogéneket, ha nincsenek
bevitel:
- ligand.pdb vagy ligand.mol2
kimenet:
- ligand.pdbqt
s szkript
- Prepar_ligand4.py -l ligand.mol2 [opciók]
3) Rácsparaméter-fájl létrehozása
bemenetek
- ligand.pdbqt
- protein.pdbqt
output
- protein.gpf
script:
prepar_gpf4.py -l ligand.pdbqt -r protein.pdbqt [opciók]
4) AutoGrid: térképek és rács adatfájlok létrehozása
bemenetek:
- protein.pdbqt
- protein.gpf
outputok: erős>
- protein.glg Rácsnaplófájl
- fehérje. *. különböző atomokhoz tartozó affinitás-térképek megjelenítése
- protein.maps.fld Rács adatfájl
- protein.d.map deszolvációs térkép
- protein.e.map elektrosztatikus térkép
parancs :
autogrid -p fehérje gpf
5) Dokkolási paraméterfájl generálása
bemenetek
- ligand.pdbqt
- protein.pdbqt
output
- ligand_protein.dpf
szkript:
Prepar_dpf4.py -l ligand.pdbqt - r protein.pdbqt [opciók]
****
6) Készítse elő a .dpf fájlt, és futtassa az autodockot az újrapontozáshoz
****
Távolítsa el a seach paramétereket, és csatolja az "epdb" kulcsszót, hogy az anexamplary .dpf így nézzen ki:
autodock_parameter_version 4.2 #, amelyet az autodock használ validateparameter set
outlev 1 # diagnosztikai kimeneti szint
intelec # internalelektrosztika kiszámítása
ligand_types C HD N NA OA # atomtípusok a ligandumban
fld rec.maps.fld # grid_data_file
map rec.C.map # atom-specifikus affinitás térkép
map rec.HD. map # atom-specific affinity map
map rec.N.map # atom-specific affinity map
map rec.NA.map # atom-specific affinity map
map rec.OA.map # atom-specifikus affinitás térkép
elecmap rec.e.map # elektrosztatikus térkép
desolvmap rec.d.map # desolvációs térkép
a lig.pdbqt # kis molekula mozgatása
kb. 17,6 22,2 32,6 # kis molekula központ
epdb # értékelendő kis molekula
****
bemenetek
- ligand_receptor.dpf
parancs:
autodock -p ligand_protein.dpf
Szerkesztés
Sikerült az AutoDock Vina-t használni az újbóli pontozáshoz, azonban a kimenet nem annyira részletes, mint amit az AutoDock 4.2 hozna létre.
Például, amit kapok:
Affinitás: -2,06943 (kcal / mol) Intermolekuláris hozzájárulás a kifejezésekhez súlyozás előtt:
gauss 1: 51.97697
gauss 2: 1133.84012
taszítás: 7.41516
hidrofób: 34.56441
Hidrogén: 0.00000
(ami még furcsa, hogy a Prepar_ligand4.py szkript a .pdbqt fájl előállításához a mol2 fájlból eltávolította a hidrogéneket)
Az AutoDock4.2 alkalmazásban a kimenet például:
epdb: A FELHASZNÁLÓ becsült szabad kötési energiája = -6,54 kcal / mol [= (1) + (2) + (3) - (4)]
epdb: A FELHASZNÁLÓ becsült gátlási állandója, Ki = 15,95 uM (mikromoláris) [hőmérséklet = 298,15 K]
epdb: FELHASZNÁLÓ
epdb: FELHASZNÁLÓ (1) Végső intermolekuláris energia = -7,14 kcal / mol
epdb: FELHASZNÁLÓ vdW + Hbond + desolv energia = -6,33 kcal / molepdb: FELHASZNÁLÓ elektrosztatikus energia = -0,81 kcal / mol
e pdb: FELHASZNÁLÓ (2) Végső összes belső energia = -0,20 kcal / mol
epdb: FELHASZNÁLÓ (3) Torziós szabad energia = + 0,60 kcal / mol
epdb: FELHASZNÁLÓ (4) Kötelezettség nélküli rendszer energiája [= (2) )] = -0,20 kcal / mol
Valaki tudja, hogy ez elérhető-e valahogy a VINA-n keresztül?