Kérdés:
(Durva) Modell a DNS evolúciójára E. coli génekben
dsign
2012-08-14 21:15:56 UTC
view on stackexchange narkive permalink

Szükségem van a génen belüli DNS-sodródás modelljére. Nem érdekelnek egyedül a bakteriális filogenikák.

A következőt értem:

  1. A géneknek megfelelő szekvenciák mind exonokkal, mind intronokkal rendelkeznek, de a baktériumokban az intronok aránya alacsony.

  2. Mivel génekről beszélek, a szekvenciaváltozások nem túl semlegesek, de szelekció alá esnek.

Megnéztem néhány, a Wikipédiában linkelt cikket erről a témáról, de azt veszem észre, hogy egész szekvenciákra vannak hangolva, és sokuk szinte a genomi korszakot megelőzi.

Melyek a jelenlegi, kanonikus források ezen a területen?

Az E.coli-ban nincs semmi hasonló az intronokhoz, mert a baktériumokban nincs splicing. Mi nem világos számomra, a mutációkról / indelekről kérdezel? Akkor kérem, mondja meg.
Egy válasz:
shigeta
2012-08-17 19:32:13 UTC
view on stackexchange narkive permalink

A baktériumok DNS-evolúciója hasonló a többi evolúcióhoz abban az értelemben, hogy a mutációs sebesség valószínűleg véletlenszerű, és némileg elfogult a DNS fizikai és kémiai szerkezete, valamint a DNS-javító enzimek jelenléte és aktivitása miatt. A mutációs könyvtárak UV vagy kémiai mutagénekből történő előállítására alkalmas mutációs protokollok jó hely a kezdéshez, gondolnám - mint ez a hivatkozás. A legtöbb ilyen anyag a laboratóriumban használt protokollokra orientálódik, nem pedig a vadonban. Például mennyi UV-fényt kap az E coli a bélben? Nem sok. Mégis megtörténik, és tipikus kiindulási tényező az evolúcióban.

A baktériumok saját adaptációjukat is közvetítik fágtranszfer, valamint közvetlen laterális géntranszfer, kromoszóma-átrendeződés révén. Ennek az evolúciónak a dinamikája ugyanolyan érdekes, mint a hely mutációja, mivel a baktériumok képesek felhasználni a helyreállítási mechanizmusait, sőt aktívan fel tudják szabályozni az adaptációt, reagálva a környezeti változásokra. Az alapvető különbségek a baktériumok evolúciója, valamint az állatok és növények evolúciója között abból fakadnak, hogy az élet viszonylag olcsó - egyetlen jól alkalmazkodott túlélő nagyon gyorsan újratelepülhet, és így a radikális genetikai sokféleségnek is előnye van, még akkor is, ha a populáció egy része elhunyt minden generáció rossz adaptív kísérletből származik. (A BTW állatok ezt is megteszik, de a rövid életű haploid gameta fázisban nem annyira, mint a diploid állatok).

Nos, vissza a baktériumokhoz. Eric Alm laboratóriuma az MIT-nél operon evolúcióval kezdte munkáját. Az egyetlen mRNS-be csoportosuló gének az egyik klaszterből a másikba ugranak az evolúció során, lehetővé téve a sejt biokémiai folyamatainak összehangolását. Az utóbbi időben intenzívebben vizsgálják a baktériumfajok evolúcióját, és azt, hogy a szelektív környezet hogyan befolyásolja a baktériumok alkalmazkodását.

Nehéz konkrétabbnak lenni, mivel nem vagyok teljesen tisztában a fókusszal és az igényekkel itt, de ezt tudom.

Ez sokat segít, csak felvettem néhány olvasmányt a MIC embereitől az olvasási listámra. A legfontosabb kérdésem a következő volt: mi a különbség a szelektív nyomás alatt lévő DNS-nyúlások és a DNS-nyúlások között, ami szemét ... Gyanítom, hogy mivel a baktériumok genomjában nincs annyi szemét, nagyon is érdekelhet ennyire.
jobb kérdés mindenképpen. Sajnos nagyon nehéz különbséget tenni. Aki valóban megpróbálta megtalálni a transzkripciós faktort megkötő helyet, tudja, hogy sok esetben, miközben a DNS-szekvencia jelentősen változik és még mindig működik, elég nehéz megmondani, hogy zaj-e, távtartója vagy funkcionálisan teljesen fontos-e. Bárcsak tudnám a választ .. Valószínűleg gépelni fogok az előszoba túloldalán lévő irodámtól Eric Almtól ... bár komolyan, ez teljesen új kérdést érdemel. ezt nem lehet kommentbe tömöríteni.


Ezt a kérdést és választ automatikusan lefordították angol nyelvről.Az eredeti tartalom elérhető a stackexchange oldalon, amelyet köszönünk az cc by-sa 3.0 licencért, amely alatt terjesztik.
Loading...