A különböző gének különböző célokat szolgálnak. Például, ha kolokalizációs vizsgálatokat szeretne végezni, akkor a fluoreszcens gének, például az eGFP és a DS-Red (vagy ezek bármely változata, nevezetesen az Emerald, az mCherry stb.) Nagyon hasznosak lesznek, mivel a mikroszkópon különböző szűrőket használhat különféle fluorofórok. A morfológiai értékelésekhez talán egy LacZ gén vagy alkalikus foszfatáz alkalmasabb, mivel ezen enzimek kimutatása kompatibilis a szokásos szövettani technikákkal, és általában sokkal jobb kontrasztot kap, mint a fluoreszcenciával. Számszerűsítés céljából valószínűleg szentjánosbogár-luciferázt vagy CAT-t használna, mivel ezekre az enzimekre nagyon jó kvantitatív vizsgálatok állnak rendelkezésre.

A döntés attól is függ, hogy a labor minden egyes kimutatási technikával milyen tapasztalattal rendelkezik, és még a konstrukciók elérhetőségétől is. Ha egy riportert már a szomszéd laboratórium készít, és ha megfelel az Ön igényeinek, akkor csak fel fogja használni, ahelyett, hogy létrehozná sajátját, még akkor is, ha a riporter génje nem lett volna az első választása.

A riporter géneket akkor is alkalmazzák, amikor a kísérlet megpróbálja megkülönböztetni annak a génnek a hatását, amelyet a tudós bevezet (exogén), és ugyanazt a gént, amelyet a sejt már tartalmaz (endogén). Ideális esetben egy olyan sejtrendszert szeretne választani, amely e zavaró hatás miatt nem tartalmaz érdekes endogén géneket, de ez nem mindig megvalósítható.

A riporter géneket is főleg akkor alkalmazzák, amikor ez lehetetlen vagy nagyon nehéz nehéz közvetlenül mérni egy érdekes gént, különösen, ha a tudományos irodalomban viszonylag homályos gén található. Például azokat a sejteket, amelyek nem expresszálnak timidin-kináz gént, lehetetlen megjeleníteni a pozitron emissziós tomográfiával. Nem azért van, mert bármi baj lenne az érdeklődő génnel, csak azért, hogy a sejteknek meg kellene találniuk a PET-gép által kimutatható radioaktív ágens visszatartását. Hasonlóképpen, a fluoreszcens géneket nagyon gyakran használják, mert gyakran szükség van arra, hogy megnézzék, hol található a géntermék a sejtben, és ennek egyetlen módja az, hogy mikroszkóppal kombinálják valamivel, ami lehetővé teszi a fluoreszcencia és a sejt megtekintését szerkezetek. Végül egy riporter gént gyakran használnak, ha a kereskedelmi forgalomban lévő antitestek vagy detektáló készletek korlátai miatt nehéz megtalálni az érdeklődő gént, és a riporter, mivel nagyon gyakran használják, könnyen kimutatható kereskedelmi termékekkel és antitestekkel.

A riporter gének felbecsülhetetlen eszközzé váltak a génexpresszió vizsgálatában. A gén két funkcionális részből áll: Az egyik egy DNS-szekvencia, amely információt szolgáltat a termelődő fehérjéről (kódoló régió). A másik rész egy specifikus DNS-szekvencia kapcsolódik a kódoló régióhoz; szabályozza a gén (promoter) transzkripcióját. A promóter vagy aktiválja, vagy elnyomja a gén expresszióját. A riporter génvizsgálat célja egy ismeretlen DNS-következmény szabályozási potenciáljának mérése. Tehát nagyon hasznos, ez egyfajta reverz inverz funkció, majd tudassa velük, hogy pontosan mit csinál.